Evernoteの検索オプションに「ノートが更新されたときに検索」がありますが、これはオフにしておいた方が良いでしょう。
ノートを更新しても一覧が乱れなくなる
「ノートが更新されたときに検索」をオフにしておくことで、
たとえば、ノートの並び順を更新日順にしているとき、ノートに何かを書き加えるとそのノートが一番上に移動してしまい、それまでにどこまでノートを見ていたのかがわからなくなる、という煩わしさから解放されます。
なお、更新日順の並び替えは「全てのノート」ボタンをクリックするなど、表示を切り替えたタイミングで行われます。
ノートに変更を加えるたびにイラッとしている方はぜひお試しください。