この、ゾンビノートとでも呼ぶべきノートがある限り、同期が正常に行われなくなるため、どうにも悩ましい。
試行錯誤のすえに対処法が確立したので、ご紹介。
なお、本稿投稿時点のEvernoteクライアント（Windows）のバージョンは「5.9.5.9380」です。
現象の確認
今回取り上げる「ノートが削除できなくなったとき」というのは以下のような状態です。
▼ノートを右クリックしても、「ノート削除」、「ノートブックに移動」、「タグの割り当て」の各項目が表示されない
▼通常は「ノート削除」、「ノートブックに移動」、「タグの割り当て」の各項目が表示される
対処法
ノートパネル上部にあるノートブック選択プルダウン（？）上ではほかのノートブックに移動できるので、適当なノートブックに移動。そのうえで、移動先のノートブック上で削除。
▼ここからほかのノートブックに移動（警告が表示されるが、構わず「ノートを移動」をクリック）
▼移動先のノートブックで、問題のノートを右クリックすると、削除できるようになっている！
こちらからは以上です。
